Государственная программа включает шесть подпрограмм, которые направлены на реализацию следующих задач и достижение целевых показателей:

«Гидрометеорология и климат» - улучшение качества Гидрометеорологических наблюдений, регулирование воздействий на климат, совершенствование управления водными ресурсами (целевые показатели к 2030 году - увеличение оправдываемости краткосрочных прогнозов погоды по областям - 97,75%; сокращение уровня выбросов парниковых газов (к уровню 1990 года) - 37%; изменение площади связанных с водой экосистем (к уровню 2017 года) - 30%);

«Стойкие органические загрязнители» - выполнение обязательств по Стокгольмской конвенции о стойких органических загрязнителях (целевой показатель - вывод из эксплуатации оборудования, содержащего полихлорированные бифенилы (к уровню 2025 года), -100%);

 «Биологическое и ландшафтное разнообразие» (целевой показатель - увеличение удельного веса площади особо охраняемых природных территорий в общей площади страны - 9,4%);

«Охрана окружающей среды» - обеспечение устойчивого природопользования (целевые показатели - увеличение доли периодов с очень хорошим, хорошим и умеренным качеством атмосферного воздуха суммарно за год - 93%, увеличение доли водоемов с хорошим качеством воды - 80%);

 «Экология регионов» - обеспечение экологической безопасности (целевые показатели - сохранение индекса сброса недостаточно очищенных сточных вод в водные объекты (к уровню 2015 года) на уровне 30%; содержание поверхностных водных объектов в надлежащем состоянии и их благоустройство; проведение ликвидационного тампонажа не подлежащих дальнейшему использованию буровых скважин, предназначенных для добычи подземных вод, от количества таких скважин на 1 января соответствующего года - 90 %):

«Цель 99» - максимальное вовлечение коммунальных отходов в хозяйственный оборот (целевой показатель – уровень использования ТКО – 70%), снижение негативного воздействия отходов.